Drugi sposób to optymalizacja dotychczasowej powierzchni, stosując lepiej wykorzystujące dostępną przestrzeń regałów- . Nieodpowiednie moduły regałów oraz półek w niejednym magazynie mogą zmniejszyć możliwą powierzchnię o połowę, dlatego też można zadbać o właściwe rozplanowanie całości. Jeżeli nawet tego typu przebudowa będzie się wiązać z większymi inwestycjami, to w efekcie końcowym i tak można będzie na tym zyskać, zwłaszcza jeśli byłaby konieczność przeprowadzki w powodu braku miejsca. Do zaprojektowania magazynu powinno się nająć specjalistyczną firmę, mającą odpowiednie doświadczenie w tego typu pracach.
Największym problemem dla każdego magazynu jest należyte rozplanowanie regałów. Sporo będzie zależeć od tego, jakie produkty i materiały będą przechowywane w magazynie – zupełnie innego ustawienia będą wymagać regały z półkami na niewielkie części, a innego regały magazynowe wykorzystywane do przechowywania długich przedmiotów takich jak pręty zbrojeniowe też rury. W niejednym magazynie zastosowanie znajdą wielopoziomowe systemy magazynowe, dzięki ich zastosowaniu w wysokich magazynach jest możliwe użycie większości przestrzeni, w zasadzie do samego dachu.
Poza tym są one bardzo wygodne i bezpieczne dla pracujących ludzi, więc zalety z ich zastosowania na pewno są spore. Podczas planowania układu magazynu na pewno pamiętać też trzeba o tym, żeby w każde miejsce był łatwy dostęp. Należy przy tym uwzględnić możliwości rozwoju, czyli przykładowo zakup nowoczesnych wózków, jakie również powinny się pomieścić się na magazynie.